Wedi'r ffrwydrad daeth y gweithwyr ynghyd i drafod sut i ochel rhag rhagor o farwolaethau. Dyma benderfynu cynnal cwrdd gweddi danddaear cyn dechrau ar eu gwaith. Roedd y rheolwyr yn frwd dros y syniad, a cafodd y glowyr ganiatâd i adeiladu capel tanddaearol.

Wedi adeiladu'r capel yn yr Haen Bum Troedfedd, dyma nhw'n prynu eu Beibl cyntaf a'i ddefnyddio yn y cwrdd cyntaf am hanner awr wedi chwech ar fore 18 Awst 1845. Cynhaliwyd cyfarfod bob bore Llun o hynny ymlaen.

Erbyn 1859 roedd y Beibl gwreiddiol yn cwympo'n ddarnau oherwydd lleithder y pwll. Prynwyd Beibl newydd, a'i gadw mewn blwch yn ystafell yr injan ger y capel i'w gadw mewn gwell cyflwr. Ond un tro, gyda'r 'pregethwr' yn mynd i hwyl, tarodd ei ddwrn ar glawr y Beibl nes torri'r beindin a gwasgaru'r tudalennau dros lawr y capel. Ym 1899 cyflwynwyd Beibl newydd gan Dr McRichie, oedd ar ymweliad o'r Alban. Yr un flwyddyn, disgrifiwyd y capel tanddaearol gan newyddiadurwr o gylchgrawn Sunday:

"Cloddiwyd y glo o'r wythïen ar ochr chwith y ffordd gan greu siambr oddeutu 16 troedfedd o hyd a 6 throedfedd o led. Ffurfiwyd y waliau yn rhannol o foncyffion pinwydd bychan, garw gyda'r wythïen lo drwchus, gyfoethog yn ymwthio i'r golwg rhyngddynt yma ac acw. Mae'r to'n fygythiol o isel uwch ein pennau, ond o garreg galed, lefn wedi'i gwyngalchu nes edrych fel nenfwd artiffisial. Wrth gamu i'r Capel rydych yn sylwi bod cynhalbyst y pwll ar y naill ochr, ac estyll pren garw yn gyson rhyngddynt fel seddi."

Roedd lle i gynulleidfa o gant gyda desg bren uchel yn bulpud, a gan nad oedd nwy yn y lofa cai'r capel ei oleuo gan ganhwyllau.

Yn 2019, rhoddwyd y Beibl olaf i gael ei ddefnyddio yn y capel tanddaearol i Big Pit. Prynwyd y Beibl hwnnw ym 1904 ac ynddo mae'r geiriau:

‘At wasanaeth cyfarfod Gweddi gynhelir yn y 5 troedfedd (Haen) yn Nglofa y Mynydd Newydd ar bob boreu Llun pan fydd y gwaith yn gweithioo. Dechraeuodd y waith hon Tachwedd 28 fed yn y flwyddyn 1904. Dyddiedig Awst 9 fed 1915.’

Ym 1924, wedi i'r lofa newid dwylo a chau am gyfnod byr, cynhaliwyd Cymanfa. Argraffwyd rhaglen ar gyfer y diwrnod gyda'r teitl:

‘Rhestr yr Emynau at Wasanaeth Gymanfa Bregetan Glofa Mynydd Newydd Awst 4ydd 1924 Er Dathlu Fedwar ugain Mlwyddiant y ‘Cwrdd Gweddi’ tanddaerol’

Byddai'n ddiddorol gwybod os yw'r rhaglenni yma yn dal ar glawr.

Ym 1929 cyhoeddwyd erthygl yn y Radio Times ar y capel tanddaearol, a darlledwyd gwasanaeth oddi yno gan y BBC ar ddydd Sul 13 Hydref.

Caeodd Glofa Mynydd Newydd dros dro ym 1932, cyn ailagor fel y Mynydd Newydd Colliery Company ym 1935 gan gyflogi 76 o ddynion. Caewyd drysau'r lofa am y tro olaf gan y Bwrdd Glo Cenedlaethol ym 1955.

Roedd tad-cu'r rhoddwr yn gweithio yn y lofa yn y dyddiau olaf, ac fe aeth i'r capel i chwilio am y Beibl. Roedd yna lyfr emynau hefyd, ond dim ond y Beibl oedd yn dal yno i'w achub o'r pwll. Ei fab, John Moelwyn Thomas, oedd yn gweithio yng Nglofa Garn Goch, etifeddodd y Beibl a byddai'n mynd ag ef i sawl Gala Glowyr a digwyddiadau eraill.

Rhoddwyd y cofnod pwysig hwn o hanes cymdeithasol a diwydiannol Cymru i Big Pit gan y teulu Thomas yn 2019. Beibl 1904 yw hwn, yr olaf i gael ei ddefnyddio yng Nglofa Mynydd Newydd. Yn rhyfedd iawn, llun o Feibl gwahanol oedd yng nghyhoeddiad Amgueddfa Cymru 'Welsh Coal Mines' (bellach allan o brint) wedi'i ddisgrifio fel y Beibl tanddaearol. Nid hwnnw yw'r Beibl sydd yn awr ym meddiant yr Amgueddfa, ac efallai taw un o'r Beiblau cynharach oedd hwnnw. Os felly, mae'n rhaid bod un arall o Feiblau Mynydd Newydd mewn dwylo preifat.